1、动物遗传育种研究所： 主要从事：反刍动物，尤其是梅花鹿的保种、提纯及新品种的技术研究。

2、动物疾病防治研究所：主要从事：反刍动物，尤其是鹿的主要疫病的预防与控制的研究。

3、鹿产品开发研究所： 主要从事：鹿茸、鹿肉等产品的深加工技术方面的研究。

4、动物营养与饲料开发研究所：主要从事：反刍动物尤其是鹿的TMR饲料等方面进行研究。

5、动物基础科学研究所 ： 主要从事：动物产品微观结构药理作用的基础理论性研究。